Nota y foto: Historia Dominicana.
Colón y sus compañeros encontraron que la isla estaba habitada por un gran población de amistosos indios Taínos (Arawacos), quienes le dieron la bienvenida a los exploradores.
Colón estableció un asentamiento improvisado en la Costa Norte, cerca de la ciudad actual de Cap Haïtien, el cual llamó La Navidad (por ser el 25 de diciembre). Usó los restos de la carabela Santa María, que había dado contra un arrecife coralino y zozobrado.
La tierra «descubierta» era fértil, pero lo más relevante para los españoles fue la gran cantidad de oro, el cual intercambiaban por trueque con los nativos, quienes se adornaban con joyas, o extrayéndolo de los depósitos aluviales de la isla.
Los taínos llamaban a la isla Ayti o Hayti (tierra montañosa). En principio, cuando los españoles llegaron, fueron amigables , pero luego respondieron violentamente contra la intolerancia y abusos de los colonizadores.
Ya para el segundo viaje del Almirante a la Hispaniola en 1493, encontró que el fuerte de la Navidad había sido arrasado y eliminados sus habitantes. No obstante a esto, no pudo detener el interés del Viejo Mundo en la expansión y su cruzada de «esparcir el Catolicismo» excusa utilizada por lo colonizadores para ocupar estas tierras; Colón estableció un segundo asentamiento, La Isabela, más hacia el Este, en la misma Zona Norte.
Los colonizadores trataron en múltiples ocasiones de establecer colonias en la costa norte de la Hispaniola, pero finalmente se estableció el primer asentamiento permanente en el Nuevo Mundo en la costa Sur de la isla, Santo Domingo.
Con el control de los colonizadores españoles, se nombro la isla entera con el nombre de Santo Domingo. Los indicios de la presencia de oro y una población de nativos dóciles, los cuales eran explotados como obreros , fue el anzuelo para atraer a muchos españoles durante los primeros años. La mayoría , simples aventureros que, por lo menos inicialmente, estaban más interesados en adquirir rápidamente riqueza mas que en asentarse en la tierra.
Como consecuencia de los maltratos de los españoles con los Tainos, las relaciones se fueron deteriorando, debido principalmente a las incautaciones de alimentos y otras extorsiones , así como los sistemáticos abusos hacia sus mujeres, hizo que los indios se rebelaran, pero fueron dominados definitivamente en 1495.
Santo Domingo se convirtió entones, en el primer puesto de avanzada del Imperio Español en el nuevo mundo. Las expectativas iniciales de reservas de oro abundantes y de fácil acceso demostraron que no tenían fundamento; aún así la isla llegó a ser importante como asiento de la administración colonial, un punto inicial para las conquistas de otras tierras y como laboratorio para el desarrollo de políticas de gobierno de las nuevas posesiones. Fue en Santo Domingo que los españoles introdujeron el sistema de repartimiento por el cual los peninsulares (personas nacidas en España y que residían en el Nuevo Mundo) recibían grandes concesiones de tierra y el derecho a usar los indios residentes en ellas en las labores.
Colón, que gobernó la colonia hasta 1499, intentó poner coto a los abusos más serios a los cuales eran sometidos los indios prohibiendo las expediciones contra ellos y regulando los impuestos informales impuestos por los colonizadores, los cuales, por las limitaciones impuestas por estas formas más suaves de explotación, empezaron a oponerse activamente a Colón. Debido a sus demandas, Colón ideó el sistema de repartimiento de distribución de tierra e indios; bajo este sistema, se otorgaba a perpetuidad, sin ninguna obligación para con las autoridades, una gran porción de terreno junto con los servicios de los indios que vivían allí. El sistema de repartimiento no mejoró la situación de los indios, y la corona española lo cambió instituyendo el sistema de encomienda en 1503.
Colón y su hermano Bartolomé cayeron en desgracia ante la mayoría de los colonos, como resultado de celos y avaricias, y luego también ante la corona debido a su incapacidad de mantener el orden. Ya antes de 1500, los terratenientes demostraron su poder conspirando exitosamente contra Colón. Su sucesor, Francisco de Bobadilla, fue nombrado juez principal y comisionado real por la corona española en 1499. Bobadilla puso en prisión a Colón y lo envió a España, pero pronto la Reina Isabel ordenó su liberación. Bobadilla demostró ser un administrador inepto y en 1503 fue sustituido por el más eficiente Nicolás de Ovando, quien asumió los cargos de gobernador y juez supremo. Ovando estableció las bases para el desarrollo de la isla. Durante su mandato, el sistema de repartimiento fue sustituido por el de encomienda. Debido a sus éxitos en iniciar las reformas deseadas por la corona —entre ellas, el sistema de encomienda— Ovando recibió el título de Fundador del Imperio Español en las Indias.
Bajo el sistema de «encomienda», todas las tierras pasaban, en teoría, a ser propiedad de la corona, y así los indios eran considerados como inquilinos en tierras reales. El derecho de la corona a servirse de los inquilinos podía transferirse en fideicomiso a colonos españoles (los encomenderos) por una concesión formal y el pago regular de tributo. Los encomenderos estaban autorizados a ciertos días de trabajo por los indios, convirtiéndose en sus custodios. Así los encomenderos asumían la responsabilidad de cuidar por el bienestar físico de los indios y de instruirlos en el Cristianismo. Una encomienda, teóricamente, no involucraba tenencia de la tierra; en la práctica, sin embargo, la posesión se ganaba por otros medios.
El duro trabajo que se le demandaba a los indios y las privaciones que sufrían demostraron la naturaleza artificial del sistema de encomienda, que efectivamente operaba bajo un sistema de honor debido a la ausencia de esfuerzos por parte de las autoridades españolas.
A la población taína de Santo Domingo le fue muy mal bajo el gobierno colonial. El tamaño exacto de la población indígena de la isla en 1492 nunca ha sido determinada, pero observadores de la época dieron estimados que variaban desde varios miles hasta varios millones. El Padre Bartolomé de Las Casas estimaba 3 millones, lo que ciertamente es una exageración. En todo caso, hubo cientos de miles de indígenas en la isla.
Las labores forzadas, abusos, enfermedades contra las cuales los indios no tenían inmunidad, y el crecimiento de la población mestiza contribuyeron, todos a la eliminación del Taino y de su cultura. Ya para 1548 la población taína se había reducido a aproximadamente 500 personas, y en 1550 solamente 150 indios vivían en la isla. Las consecuencias de ello, fueron profundas. La necesidad de nueva fuerza laboral para el cultivo creciente de la caña de azúcar obligó a la importación de esclavos africanos empezando en 1503. Ya para 1520, solamente se usaba la mano de obra de los esclavos africanos.